Наименование документа

В соответствии с договором подряда и проектной документацией строительная организация приступила к производству работ на объекте (финансирование бюджетное). При отрывке котлована было обнаружено большое количество ранее засыпанного строительного мусора, в том числе отходы бетона и железобетона, который нельзя использовать на объекте для обратной засыпки и вертикальной планировки и который необходимо вывезти на свалку. Эта работа нашей подрядной организацией была выполнена, при этом пришлось оплачивать услуги городского коммунального предприятия, в ведении которого находится свалка строительного мусора, за его утилизацию. Заказчик согласен оплатить наши затраты, в том числе дополнительные транспортные затраты и услуги свалки, но опасается проверок, так как эти затраты отсутствуют в инвесторской сметной документации и договорной цене. Просим разъяснить, как правильно оформить необходимую документацию в данном случае?